Spectre des virus des voies respiratoires dans l’aire sanitaire de l’hôpital du Mali et du CSCom de Yirimadio.
Résumé
Introduction et objectifs: Les maladies virales respiratoires constituent un enjeu majeur de santé publique du fait de leur incidence sur le plan mondial, la facilité de dissémination dans la communauté avec une mortalité et morbidité significatives. Il existe des données très limitées sur les infections virales respiratoires émergents et ré émergents au Mali et à notre connaissance aucune étude n’a évalué le spectre des virus associés aux infections des voies respiratoires. Ainsi le but de notre travail était d’étudier la diversité des virus associés aux infections des voies respiratoires en utilisant les outils moléculaires.
Matériels et méthodes: Divers agents pathogènes virus respiratoires ainsi que de bactéries (bien que celle-ci ne soient pas le sujet de cette étude) ont été isolés des échantillons naso-pharyngés à partir des méthodes d’utilisation des outils moléculaires plus précisément RT-PCR.
Résultats :Notre étude a porté sur 600 patients dont 177 à l’hôpital du Mali et 423 au CSCom de Yirimadio. Parmi les 600 patients inclus à cette étude, 512 (85,3%) étaient positifs aux agents pathogènes. Ces agents pathogènes étaient au nombre de 23 (virus et bactéries) sur l’ensemble des échantillons groupés. La mono-infection virologique a été détectée sur 93 échantillons soit un total 15,5%. La co-infection bactérie-virus sur 291 échantillons ce qui représentent 48,5%. Une détection conjointe virus-virus fut détectée sur 13 échantillons (2,1%) et en fin une détection conjointe bactérie-bactérie sur 28 échantillons (4,6%) dans l’ensemble des deux sites regroupés. Parmi les virus identifiés l’Entérovirus (EVs) était prédominent avec un taux de 28%, suivi de Influenza virus(IFVs) 17,6%, Para influenza virus(HPIVs) 10,6%, Coronavirus humain (HCoVs) 4%, et enfin le virus respiratoire syncytial(RSV) représentait 3,83% reparti entre RSVA (3,5%) et RSVB (0,33%).
Conclusion : Au cours de cette étude, 21 types différents de virus et de bactéries ont été isolés sur l’ensemble des échantillons prélevés. Le rhinovirus humain était le plus isolé (22,50%) et quatre-vingt-deux pour cent (82%) des cas positifs étaient en co-infection soit entre bactérie-bactérie ou entre bactérie-virus ou encore entre virus-virus.