Exploration du polymorphisme de la région V3 du gène du VIH-1 par la technique de séquençage direct chez les patients atteints de Sida à Bamako

Abstract

Notre étude de type descriptif sur le polymorphisme de la région V3 de la glycoprotéine 120 (gp 120) de l'enveloppe du VIH-1 s'est déroulée à Bamako, capitale du Mali (Afrique de l'Ouest). Nous nous sommes intéressés à 36 prélèvements de sang sur eitrate de so dium provenant de malades du sida, tous maliens et résidant au Mali. Après séparation lymphocytaire par gradients de ficoll suivie de l'extraction de l'ADN proviral, une PCR nichée avec comme matrice l'ADN proviral du VIH-1 a été réalisée au niveau du Laboratoire de Biologie Moléculaire Appliquée. La cible d'amplification était représentée par un fragment de 360 paires de bases situé sur la région V3 du gène env. du VIH1. Sur un total de 36 amplifications, nous avons réussi 12 et sur ces 12 amplifications, 5 séquences ont été retenues car parfaitement interprétables. La technique de séquençage utilisée était le séquençage direct avec un séquenceur automatique à système capillaire. La comparaison des 5 séquences maliennes entre elles après alignement sur le logiciel informatique Je llifish V 3.2 a montré une divergence a llant de 14 à 37%, alors qu'une homologie allant de 80-92% a été observée entre les séquences maliennes et celles d'autres isolats africains sélectionnés à partir de la base de données du site NCBI. Le génotypage de nos cinq séquences indique et confirme l'introduction de la forme recombinante circulante CRF02 AG au Mali (toutes les 5 séquences étant CRF02_AG). La compréhension de cette diversité est d'une importance capitale surtout pour la recherche vaccinale. Ce travail complètement réalisé au laboratoire de biologie moléculaire appliquée de Bamako confirme les dispositions du Mali à conduire des études de polymorphisme génétique sur d'autres gènes du VIH, mais également sur des germes autre que le VIH.